Rekonstruktion der Prüfung am 31.10.2022
Total 12 Aufgaben, max. 50 Punkte.
Die Reihenfolge entspricht nicht exakt den Prüfungsaufgaben, die Nummerierung soll dazu dienen einzelne Teil-/Aufgaben zu unterscheiden.

1. Molekül zu SMILES & umgekehrt

2. adjacent matrix eines Moleküls aufschreiben (inkl. bond weight)

3. bits von Morgan Fingerprint
a) Wieviele bits sind bei einem Morgan Fingerprint gesetzt bei einer gegebenen Molekülstruktur mit einem Radius von 0?
b) Wieviele bits kommen dazu wenn der Radius 1 ist?

4. Was ist der PAINS Filter? Kann dieser strikt angewendet werden? Begründe.

5. Tabelle mit Eigenschaften (MW, #HBA, #HBD, #rotatable bonds, ClogP, 2 weitere) von 3 verschiedenen Molekülen. Markiere die Werte, welche die Lipinski Rule of 5 (Ro5) verletzen. Welche Moleküle bestehen die Ro5 nicht?

6. Decision tree wie in Probeprüfung.

7. Beschreibe die Unterschiede zwischen "rigid body"-, "flexible ligand"- & "flexible protein"-docking. Welches ist das schnellste? Begründe.

8. "relative" free energy of binding: Werte für dG(BA)_free, dG(BA)_bound & dG(A)_bind gegeben. Zeichne den Zyklus & berechne dG(B)_bind.

9. Zwei Ähnlichkeitsgleichungen gegeben
a) Welches ist die Gleichung der Tanimoto-Ähnlichkeit? Beschreibe alle vorkommenden Variablen.
b) Berechne die Ähnlichkeit zwischen Molekülen A, B & C: T(A,B), T(A,C), T(B,C)

10. Können zwei unterschiedliche Moleküle den gleichen Fingerprint besitzen?

11. Gegebene Werten für TP, TN, FP & FN.
a) Confusion Matrix ausfüllen.
b) Berechne die True Positive Rate (TPR = TP / (TP + FN)

12. Nenne die Unterschiede zwischen "bag classifier" und "random forest"

13. "Receiver Operating Characteristic" (ROC) curve:
a) Achsenbeschriftung ergänzen, Kurvenbsp. für random/besser/schlechter einzeichnen.
b) In welcher Situation werden early enrichment Methoden (z.B. BEDROC, etc.) angewandt?

Anmerkungen:
Die Dozierenden stellen eine Probeprüfung zur Verfügung, welche man sich unbegingt anschauen sollte (ca. 80% Ähnlichkeit mit der Prüfung)
Die Talktorials waren für diese Prüfung ziemlich irrelevant. Im HS 2021 wurde jedoch eine MPC-Teilfrage (2 Pkt.) darüber gestellt.
Desweiteren erwähnen die Dozierenden immer wieder, dass die Talktorials Teil der Vorlesung & somit auch des Prüfungsstoffs sind.

Viel Glück & Erfolg!