Pharmepi Exam 02.02.24

16 questions, 40+1 points
mostly MPC questions (4-5 answers, one or multiple answers possible, no negative points)

1. importance of pharmacovigilance
2. sentinel initiative
3. confounding
4. which key values of formal ADR reporting should
5. risk table: calc. OR (bonus: AR) (written answer)
6. propensity score
7. text: causality assessment (written answer)
8. differential information bias
9. immortal time bias
10. protopathic bias
11. study text: fill risk table, study design, mistakes

important:
- take a look at sentinel initiative
- learn VIP slides in detail
- understand study designs
- understand confounding, bias & their direction
- evaluate study design & flaws

All in all, a quite balanced exam where nearly all important lecture concepts are covered in the questions.
Good luck! =)

Exam 26.01.24 08.15-08-30
The two were really nice and they let me choose in which language I want to take the exam.

Halin: Vaccine conjugates
- What's the principle behind vaccines? Immunization
- Which type of immune response? BC, CD4 (I kept it quite simple, but I think she likes if you go through all the details, incl. presentation on MHC, etc.)
- In cancer would another cell type be preffered, which? CD8
- Why aren't they prefferably activated? (She helped me to get to uptake by DCs and MHC II presentation)
- Concept of conjugate vaccines? Explained HiB vaccine, linked recognition, mentioned act. of various BCs by presentation of the same peptide to the same CD4 TC

Neri: Insulin
- Tell about history and insuline. oldest recombinant protein, already isolated over 100 years ago from bovine pankreas, alpha-/beta-chain, difference between mono-/di-/hexamer and started talking about modifications (short: lispro (Lys/Pro switched, no di-/hexamer formation; long: glargine (2 Arg: incr. pI, red. solubility) determir (myristolyation: COOH + alkyl chain to mimic fatty acid and enables binding to albumin -> incr. t1/2)
- why has albumin long t1/2? started to talk about FcRn because i couldn't remember anything else (+ size and thereby decr. filtration in kidney)
- Recombinant production of insulin not easy because of two chains. How would you produce? E. coli, two methods: 2 chains + SS-bond in periplasm or 1 chain & cutting
- Why E.coli? Insulin is simple (no glycosylation etc.) and explained E. coli advantages
- He ended with: "Yes, is simple, fast and cheap" and nodded

The exam ended quite quick and it felt more like a discussion than really being examined.
Whatch out for the following points:
Halin seems to like hearing all the details, especially if you're talking about the incuction of the immune response. Go through them step by step.
Neri sometimes interrupted me when i was searching for specific details like the name of e.g. an amino acid, he then quickly gave the answer and told me that it's also not that important and he'd likes to hear the concept. So try to be concrete, e.g. his last statement about E. coli "simple, fast and cheap".

Pharmazeutische Biologie, Sommer 23
Bei Pflanzen immer lat. und deu. Name, Familie, lat. Droge (Pflanzenteil) und 1 Indikation (nur erste wird bewertet) angeben

(4P)
1a. Erkläre rationale Phytotherapie
1b. Vergleiche/Erkläre traditionelle Phytotherapie

(10P)
2a. Was sind «Iridoide» und «Secoiridoide»? Erklärung, Grundstruktur und Übergruppe.?
2b. Gib 3 Pflanzen mit [Monoterpen] Hauptinhaltsstoff (Name und Struktur zeichnen).

(11P)
3a. Erkläre die Biosynthese von IPP und DMAPP über Acetat-Mevalonat-Weg bis zum Geranyldiphosphat.

(6P)
4a. Was sind Anthranoide, welches sind die 3 Strukturtypen (Oxidationsstufen) (mit Summenformel)?
4b. Gib 2 Pflanzen mit Inhaltsstoffen.

(5P)
5. Erkläre den Unterschied zwischen «echter Kamille» und «Römischer Kamille». (Vorkommen, Wirkung, …)

(14P)
6a. Markiere, welche von den 6 gegebenen Strukturen Alkaloide sind. Gibt dazu jeweils die Klasse (Ornithinalkaloid, …) und den Strukturtyp (Isochinolinalkaloid, …) an.
6b. Gib 2 Pflanzen mit Inhaltsstoffen.

(3P)
7. Gib 3 Schleimpolysaccarid Pflanzen an.

(4P) Bonusfrage (geht über Stoff hinaus, kann hier Extrapunkte machen) 🡪 Nicotin Molekül war gegeben (ausschliesslich Struktur).
8a. Was ist die Stoffklasse dieses Moleküls?
8b. Was ist der Name des Moleküls und seine Anwendung?
8c. Gibt einen möglichen Syntheseweg.
8d. Bewerte die Toxizität des Moleküls.

Biopharmazie FS 2022 Rekonstruktion

1. Wie viel Zeit braucht es, bis die Konzentration eines AS unter 5% der Anfangskonzentration gesunken ist? (1 Punkt?)

2. Nenne pharmakokinetische Prozesse, welche Einfluss auf die Halbwertszeit (?) haben. (2 Punkte?)

3. 1-Kompartiment Modell, e.v. → Tablette (? Punkte)
a) Zeichne die Plasmakonzentrations-Zeit-Kurve
b) ?

4. ? Punkte
a) Nenne 3 Fälle von nicht-linearer PK (? Punkte)
b) Zeichne die Plasmakonzentrations-Zeit-Kurve dieser 3 Fälle im gleichen Diagramm
c) ?

11. (? Punkte)
a) Zeichne D vs. pH Diagramm eines schwach basischen AS mit pKa = 5?
b) Zeichne ein, wo D bei pH 7.4 liegt.
c) Zeichne P der neutralen Spezies ein.

13. (6 Punkte) Angabe von CL, fu=, fe, etc. eines AS1. Gleichzeitige Verabreichung eines AS2, welcher das metabolisierende Enzym CYP3A4 des AS1 induziert.
→ i.v. & orale Gabe von AS1
a) Tabelle ausfüllen: i.v./oral Einfluss auf Parameter, Angabe ob starker oder schwacher Einfluss → Parameter
i) CL
ii) fe
iii) fu
iv) ffp ?
v) Bioverfügbarkeit
vi) etc.
b)Klinische Relevanz für i.v. & orale Gabe beurteilen. Falls klinisch relevant, welches sind die beeinflussten Parameter?

Order unknown for the following questions:

- Frage 1a: Why is michaelis menten constant important for substrates binding to enzymes. Explain what information you can get from it.
- Frage 1b: Explain the importance of a low Koff of a drug
- Frage 1c: Calculate Koff if given Kon and Ki.
- Explain Prodrug in 2-3 sentences (2p). Mark the prodrug in the structure. (1p)
- Why is the activity of Glucuron Transferase a problem for medicinal chemists? (1p)
- What problems does drug discovery have with b-lactam drugs?
- …..? circle where cleaved by …? (isch es en pro drug gsi oder um de metabolismus gange? Penicillin G mit grosser gruppe an 5 ring nach CO2R)
- Draw the metabolites of different drugs
- Definition non-classical bioisostere and what is the non-classical bioisostere of -COOH compared to -Ph, -C(CH3)3, -Br and -five ring with multiple N
- MW > 460, logP=4, 3 HBD, 6 HBA : how is the bioavailability - explain
- drug targeting Adenosine deaminase given. infer possible target.
- draw nat. ligand drawing
- Defintion of Auxophore
-Why can PK properties of drugs be changed using auxophore?
- Explain induced fit theory
- What is drug drug interaction?
- 2 Medikamente ( Antivral/Enzyme inhibitor) gegeben. werden von Cyp3A4 verstoffwechselt. Wieso problem, wenn patient gleichzeitig phenobarbital (inducer) erhält. Was ist die Konsequenz, bei gleichzeitiger Einnahme von Cyclosporin (Hemmer) (no worries in liste gegeben.)
- Antiviral given. How will this drug look like after metabolisation? (It was a NRTI, so you had to add the phosphate groups)
- Drug given (antiviral?) what interaction with Asp(?) in enzyme? (X-ray picture given)
- Glycin (?) group was added and gave better potency, why?
- Why Guanidyl (?) group not favourable for optimissation process?
- Cefalothin beta-lactam drug: draw 2 metabolites
- Why are infectious disease easy to target? 2 reasons needed for the points
- 4 main activities in drug discovery?
- why are metabolites dangerous (Why are metabolites challenging for the development of new drugs)?
- typical steps to identify metabolites
- Explain SAR
- why are natural ligands good lead structure? how can we approaches to discover lead structure?
- Struktur eines natürlichen liganden gegeben. 1 positive argument, etwas negatives bei verwendung von natürlichen liganden als lead?
- What steps does the metabolism has?
- Drug has following properties (460 D, 3 HBD, 6 HBA, logP 4.0). What can you say about the oral bioavailability of the drug?

MedChem I/II FS 2022 Rekonstruktion

1. cholinergic receptor
a) draw natural ligand of muscarinic & nicotinic receptor
b) What does Me do? chem. str. of methacholin & betanechol shown
c) 3 structures shown: mark pharmacophore & name 2 interactions
d) rivastigmine: how do F & Cl modify metabolism?
e) draw or explain mechanism of AChE Inhibition

2.
a) What is a Prodrug?
b) Afatinib (chem. str. shown) is a new type of T-Kinase inhibitors with a distinct mode of action. How does it work?
c) Gemeinsames Strukturelement der Kinase-Inhibitoren
d)


3.
a) nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTIs): how do they work?
b) Monophosphate shown: what is the difference in mech. of action vs. NRTIs?
c)
d)


4. HIV
a) what are non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors?
b)
c)
d)


5. b-lactam
a) 2 reasons why carboxylic acid & amine are often found in approved drugs?
b) what is a pro-drug?
c) to which class of drugs does shown structure belong to? str. of penicillin G shown
d) what's the effect of the ureido group on other shown structures (Piperacillin, a penicillin analogue)?

6.
a) what's a chemical lead? discuss binding affinity, target selectivity & PK.
b) 2 given structures, similar carbon skeleton, each with 1 different R-substituent, IC50 of 3 R possibilities: which R1 & R2 do you suggest to improve binding affinity?
c) SAR studies found out that COOH group is important for binding affinity, but reduces oral bioavailability. which of the given 3 substituents (Cl, pyrrolidin, tetrazol) would you use to substitute COOH & why?

Prüfungsrekonstruktion 21.12.21
Die Autorinnen & Autoren übernehmen keine Verantwortung bezüglich Vollständigkeit & Richtigkeit der Prüfungsrekonstruktion.

Single Choice: je 1 Pkt.
1. alte, schwache Frau, 2 Tage heftiger Durchfall, Fieber 39.5°C, vorgängige Zahnfleischentzündung (10 Tage Clindamycin)
- EHEC
- Salmonella entiritidis
- Salmonella typhii
- Clostridium difficile: da opportunistischer Erreger Befall oft nach Antibiotikatherapie
- Vibrio cholerae

2. MRSA Hauptresistenzmech.
- Veränderte Zielstruktur
- enzymatische Inaktivierung
- vermehrter Efflux
- veränderte Permeabilität durch Porine

3. Koagulase negative Staphylokokken, Vorkommen bei Gesunden
- im Darm
- Mundhöhle
- auf der Haut
- in den Bronchien

4. Welche Aussage trifft nicht zu?
- Wenn man sich einmal mit Grippe infiziert, persistiert der Virus lebenslang und eine (weitere?) Impfung ist nicht nötig
- Bei Antigenshift ist keine Immunität mehr gewährleistet
- Bei Antigendrift ist die Oberfläche verändert
- Grippe-Virus ist ein RNA-Virus
- Grippe-Viren bestehen aus 7-8 Genomsegmenten

5. Was trifft nicht zu bei Kapseln & Schleimschichten?
- notwendig für Kultur Wachstum
- Schutz vor Austrocknung
- Schutz vor Phagozytose durch Makrophagen
- aussen an die Zellwand anliegend
- nötig für Anheftung an Wirtszelle

6. Welche Aussage trifft nicht zu?
- Dimorphe Pilze treten als Schimmel oder als Hefe auf
- Zu den Schimmel gehört Cryptococcus neoformans
- Das Aspergillom wird durch aerogene Aufnahme von Sporen verursacht
- Infektionen durch Candida spp. werden durch Immunsupression begünstigt
- Dermatophyten verursachen behandlungsbedürftige Hautinfektionen

Zuordnung: je 4 Pkt.
7. Erreger - Symptome:
- Streptococcus mutans
- Streptococcus pyogenes (A-Streptokokken)
- Legionella pneumophila
- Listeria monocytogenes
- Neisseria gonorrhoea
(A) Zahnkaries -> S. mutans
(B) Pneumonie -> Legionella pneumophila
(C) Meningitis/Sepsis bei Neugeborenen -> Listeria monocytogenes
(D) Angina (Tonsillitis) -> S. pyogenes

8. AB Wirkmechanismus
- Cephalosporin
- Aminoglycosid
- Sulfonamide
- Peptidoglycane
- Chinolone
(A) Enterokokkenlücke -> Cephalosporine
(B) Inhibition DNA-Gyrase -> Chinolone
(C) Inhibition Folsäuresynthese -> Sulfonamide
(D) Wirkung am Ribosom -> Aminoglycoside

Kprim: je 4 Pkt., bei 3 richtigen 2 Pkt., sonst 0
9. BSL 3
- Staphylococcus aureus
- Francisella tularensis
- Bacillus anthracis
- Helicobacter pylori

10.Das mit enteritischen Salmonella
- Hauptsächlich durch Lebensmittel übermittelt
- wird in jedem Fall mit Antibiotikatherapie (behandelt) zugesagt
- Diarrhoe als Identifizierungsmerkmal (eindeutig davon auf Art schliessen oder so)
- Über 2000 Serotypen

11. phänotypischer Nachweis im Labor
- Färbung & Morphologie
- Antigennachweis (Serovare)
- Stoffwechsel
- Wachstum

12. nosokomiale Infektion
- ambulant erworben, in Spital eingeschleppt
- häufig schwer zu behandeln, da oft Multiresistenz vorhanden
- häufig HWI
- typ. Errerger: Pseudomonas aeruginosa

Prüfungsrekonstruktion FS 2022

1. SC- Blutentnahme: welcher Zusatz für Prothrombin (Quick)
a. EDTA
b. Heparin
c. keine
d. Na-Citrat

2.MPC- alalytische Sensitivität & Spezifizität
a. Für das Drogen-Screening von Barbituraten muss die analytische Spezifität nicht sehr hoch sein
b. chromatographische Methode unterliegt immunologischer bzgl. Spezifität
c. Hexokinase spezifischer als Glukoseoxidase
d. Sensitivität beschreibt Fähigkeit kranke zu ermitteln
e. Barbiturat-Test muss nicht sehr sensitiv sein

3. Frage 3 (mehrere richtige Aussagen)
a. GFR kann anhand Plasmakonzentration von Kreatinin, Alter und Geschlecht abgeschätzt werden.
b. Medikamente beeinflussen Kreatinin-Clearance
c. Hohe Nitritkonzentration bedeutet schlechte GFR
d. Mikroalbuminurie weist auf verminderte GFR hin
e. Kreatininbestimmung im Urin ist eine photometrische Endpunktbestimmung

4. MPC- Wovon hängt die Bestimmung der kritischen Differenz ab?
a. Geschlecht
b. Konzentrationsdifferenz
c. Einheit der Faktoren o.ä.
d. Variationskoeffizient
e. gemessene Konzentrationen

5. ?

6. ?

7. ?

8. ?

9. Troponin T
a. Troponin T Werte lassen sich nur bei einem Herzinfarkt messen
b. Beim Anstieg und Fallen der Troponin T Werte sollte eine Untersuchung im Herzkatheter Labor stattfinden.
c. Troponin T lässt sich früher messen als Myoglobin
d. Die Messung von Troponin T hat eine hohe Sensitivität.
e. Die Messung für Troponin T ist spezifisch.

10. SC- Blutwerte (sehr hohe ALT & AST, leicht erhöhte Bilirubin & alk. Phosphatase), 50-jährige Frau mit Bauchbeschwerden & Appetitlosigkeit:
a. Leberzirrhose
b. akute virale Hepatitis
c. Gallengangtumor
d. Pankreatitis

11. Zuordnung: Welche Messtechnik für welchen Faktor?
a. 5 Faktoren: ALT, Kreatinin, Sirolimus, NT-proBNT,
b. 3 Messtechniken: photometrisch, immunologisch, chromatographisch

12. Zuordnung: Welche Messwerte für welche Erkrankung?
a. 5 Messwerte (alle erhöht): Albumin, MCV, Bilirubin, Triglyceride, HbA1c
b. 5 Krankheiten: Diabetes, GFR gesenkt, makrozytäre Anämie, Pankreatitis, Leberzirrhose

Übrige:
- SC- BNP/NT-proBNP
a. NT-proBNP ist aktives Hormon
b. beide gut für Monitoring der Herzinsuffizienz
c. natriuretische Peptide sind negativ inotrop & somit zur Blutdrucksenkung
d. ?

- MPC- TDM: was trifft zu?
a. TDM sinnvoll ohne definiertes therapeutisches Fenster.
b. Wird direkt nach Medikamentengabe durchgeführt?
c. Wird nach 2-3 Halbswertszeiten bestimmt.
d. Wird besonders häufig bei Immunsuppresiva durchgeführt
e. ?

- 1 richtige Aussage:
a. Point-of-care Patientenmessgerät für INR/Quick messen identische Werte wie Geräte im Labor
b. Quick bei Leberfunktionsstörung erniedrigt
c. Quick für intrinsisches System
d. Quick für Therapiemonitoring bei Heparintherapie

Sorry for the incomplete exam, we tried our best to reconstruct the question and answers for you! =)

Reconstruction exam 31.10.23

Clinical Chemistry II
31.10.2023

SC = single choice (only 1 answer is correct)
MPC = multiple choice (multiple answers are correct)

A paper about liver failure upon hepatitis E infection had been distributed one week before the exam. Questions 1 and 2 were mostly referring to this article.

1. Statements about HepB (SC):
a)
b) HepB prevalence in Switzerland is low.
c) HepB infection in Switzerland mostly via meat.
d)

2. Statements about HepB (MPC)
a) HepB is usually self-limiting in immunocompetent people.
b)
c) Immediate treatment monitoring via AP.
d) Conjugated bilirubin is elevated during HepB infection.

3. Hypertension follow up (MPC)
a) Cortisol should be measured in all hypertension patients.
b) Most hypertension cases can be treated by one drug.
c) Lifestyle changes are recommended even in treatment with drugs.
d)

4. Hepatitis status (SC)
- HbsAg pos.
- anti-Hbc IgM/IgG pos.
- anti-Hbc IgM pos.
- anti-Hbs neg.

a)
b) chronic infection
c) acute infection
d) vaccinated

5. Vitamin D (MPC)
a) Vitamin D needs to be metabolised to be active.
b) Main source of VitD is food, e.g. fish and meat.
c) In the population of Zurich similar endogenic Vit D levels can be measured the whole year.
d) Only 40% of German 10 y old boys have suffient VitD levels.

6. Kidney stones: values that indicate a high risk (MPC)
a) Calcium: elevated
b) Citrate: elevated
c) Parathyroidhormone: elevated
d) Urea: elevated
e) Calcium: reduced

7. Fetal Occult Blood Test (FOBT) (MPC)
a) Detects most colorectal cancers.
b) Aspirin leads to false negative result.
c) Upon a negative test, one can be sure there' no colorectal cancer present.
d) Can be done in a pharmacy.
e) FOBT is recommended once for 50-69 y old people.

8. Calculate the risk prognosis (SC): 50 y old male hypertension (145/95) patient, smoker, family history of cardiovascular disease
a)
b) low risk
c) moderate
d) high risk
e) very high risk

9. HIV laboratory parameter for monitoring (MPC)
a) plasma viral load
b) anti-HIV antibody
c) ALT
d) CD4 levels
e) leukocyte levels

10. Clinical laboratory in pharmacy being reimbursed by health insurance (MPC)
a) Does require external quality control.
b) Does not require external quality control.
c) Does require internal quality control.
d) Does not require internal quality control.

11. Competitive Immunoassay (MPC)
a) Used for therapeutic drug monitoring.
b) 2 antibodies are used.
c) Shows an increasing readout upon increasing analyte concentration.
d) The concdntrstion of the labelled antibody is known.
e) Used for protein analysis.

12. Which measured parameter is used for which disease?
Parameter: Normetanephrin, Deoxypyridinoline, Thyreoglobulin, ALT, Cystin
Diseases: kidney stone, pheochromocytoma, osteoporosis, acute hepatitis, thyroid cancer

Pathobiologie Winter 2023
BLUT
Fallbeispiel: 45j. Frau kommt, um Anämie abzuklären. Gegebene Werte: Hb erniedrigt, MCV erniedrigt, Leukozyten normal, Thrombozyten normal.
Welcher Anämietyp liegt vor?
Mögliche Ursachen für die Anämie
Welche Untersuchung müssten sie anordnen, um ihre Verdachtsdiagnose zu bestätigen.
Welche weiteren Untersuchungen nehmen sie vor?

LUNGE
Unterschied restriktive & obstruktive Lungenerkrankungen
Je 4 Krankheiten aufzählen
Je 1 Ursache oder 1 Symptom für alle aufzählen

NIERE
Risikofaktoren, die Nierensteine begünstigen
3 Symptome nennen, die durch Nierensteine hervorgerufen werden
Welche Zusammensetzungen von Nierensteinen gibt es? Und wieso ist es wichtig das zu wissen?

ENDOKRINES SYSTEM
Fallbeispiel: Frau klagt über Gewichtszunahme innerhalb eines Monats, ihr ist kalt und sie ist müde. Ihr Blutdruck liegt bei 130/80 mmHg, Herzschlag 55/min. Nüchternglukose: normal, TSH: sehr hoch, Leukozyten: sehr hoch, Thrombozyten: sehr hoch, Triglyceride: hoch, Cholesterin: hoch.
Verdachtsdiagnose und Begründung
Was ist der zugrundeliegende Mechanismus für die Erkrankung
Welche Ursachen gibt es? Und welche ist die wahrscheinlichste?

GESCHLECHTSORGANE
3 sexuell übertragbare Krankheiten, Erreger und Symptome aufzählen
Wie kann eine benigne Prostatahyperplasie und ein Prostatakarzinom diagnostiziert und voneinander unterschieden werden?
Hauptursache für ein Cervixkarzinom, Erreger? Und wie kann man darauf prüfen (Früherkennung für Cervixkarzinom)

ZNS/HIRN
Wie unterscheidet man eine milde von einer schweren TBI? (Verfahren, Kriterien)
Typische Symptome bei milder TBI?
Wieso ist milde TBI trotzdem gefährlich? Was sind Warnzeichen?

SINNESORGANE
Welche Schallleitungsarten gibt es?
Beschreibe, wie die Höhrwahrnehmung durch Auf- und Abbewegungen der Cochleastrukturen funktioniert?
Unterschied zwischen Innenohr- und Schallleitungsschwerhörigkeit?
3 Ursachen für Innenohr- und Schallleitungsschwerhörigkeit
Welche Schwerhörigkeit liegt vor, wenn hohe Frequenzen nicht mehr wahrgenommen werden können?

Fragen evt nicht in genau dieser Reihenfolge
Bei Pflanzen immer lat. und deu. Name, Familie, 1 Indikation und verwendetes Pflanzenteil angeben

(14P)
1a.Erkläre den Begriff «Biogene Pflanzenstoffe»
1b. Zähle 5 Drogenformen auf und nenne jeweils 1 Beispielpflanze

(10P)
2a. 5-6 Strukturen wurden gezeigt. Welche gehören zu den Terpenoiden?
2b. Nenne bei diesen jeweils die Hauptgruppe + Subtyp (zb Monoterpen + Iridoid)
2c. Nenne zwei Terpendrogen

(10P)
3a. Zu welcher Gruppe gehört Flavanonol?
3b. Zeichne die Biosynthese eines Flavanons (zb Naringenin) von Phenylalanin aus. Erläutere die wichtigen Schritte.

(12P)
4a. Was sind Charakteristiken von äth. Ölen? Was ist das Hauptextraktionsverfahren?
4b. Äth. Öle haben häufig folgende Indikationen/Wirkung (Dyspeptische Beschwerden, Dermatika, Expektorierend) Nenne jeweils eine Pflanze.

5. Erkläre, wie der Hauptinhaltstoff von Althea officinalis wirkt. (Basically erkläre Hydrogele)

6a. Nenne 2 Alkaloide, die in der Familie der Solanaceae vorkommen.
6b. Zeichne eines davon.
6c. Nenne 2 Pflanzen, die dieses Alkaloid enthalten

7a. Nenne den gesamten Namen von «Uva ursi». Zusätzlich nenne den Hauptinhaltsstoff und wlecher Klasse er angehört.
7b. Der Hauptinhaltsstoff hilft bei Harnweginfekten. Erkläre den Mechanismus.

Rekonstruktion der Prüfung am 31.10.2022
Total 12 Aufgaben, max. 50 Punkte.
Die Reihenfolge entspricht nicht exakt den Prüfungsaufgaben, die Nummerierung soll dazu dienen einzelne Teil-/Aufgaben zu unterscheiden.

1. Molekül zu SMILES & umgekehrt

2. adjacent matrix eines Moleküls aufschreiben (inkl. bond weight)

3. bits von Morgan Fingerprint
a) Wieviele bits sind bei einem Morgan Fingerprint gesetzt bei einer gegebenen Molekülstruktur mit einem Radius von 0?
b) Wieviele bits kommen dazu wenn der Radius 1 ist?

4. Was ist der PAINS Filter? Kann dieser strikt angewendet werden? Begründe.

5. Tabelle mit Eigenschaften (MW, #HBA, #HBD, #rotatable bonds, ClogP, 2 weitere) von 3 verschiedenen Molekülen. Markiere die Werte, welche die Lipinski Rule of 5 (Ro5) verletzen. Welche Moleküle bestehen die Ro5 nicht?

6. Decision tree wie in Probeprüfung.

7. Beschreibe die Unterschiede zwischen "rigid body"-, "flexible ligand"- & "flexible protein"-docking. Welches ist das schnellste? Begründe.

8. "relative" free energy of binding: Werte für dG(BA)_free, dG(BA)_bound & dG(A)_bind gegeben. Zeichne den Zyklus & berechne dG(B)_bind.

9. Zwei Ähnlichkeitsgleichungen gegeben
a) Welches ist die Gleichung der Tanimoto-Ähnlichkeit? Beschreibe alle vorkommenden Variablen.
b) Berechne die Ähnlichkeit zwischen Molekülen A, B & C: T(A,B), T(A,C), T(B,C)

10. Können zwei unterschiedliche Moleküle den gleichen Fingerprint besitzen?

11. Gegebene Werten für TP, TN, FP & FN.
a) Confusion Matrix ausfüllen.
b) Berechne die True Positive Rate (TPR = TP / (TP + FN)

12. Nenne die Unterschiede zwischen "bag classifier" und "random forest"

13. "Receiver Operating Characteristic" (ROC) curve:
a) Achsenbeschriftung ergänzen, Kurvenbsp. für random/besser/schlechter einzeichnen.
b) In welcher Situation werden early enrichment Methoden (z.B. BEDROC, etc.) angewandt?

Anmerkungen:
Die Dozierenden stellen eine Probeprüfung zur Verfügung, welche man sich unbegingt anschauen sollte (ca. 80% Ähnlichkeit mit der Prüfung)
Die Talktorials waren für diese Prüfung ziemlich irrelevant. Im HS 2021 wurde jedoch eine MPC-Teilfrage (2 Pkt.) darüber gestellt.
Desweiteren erwähnen die Dozierenden immer wieder, dass die Talktorials Teil der Vorlesung & somit auch des Prüfungsstoffs sind.

Viel Glück & Erfolg!

02.09.22 08.40 Frau Dupy
Die Prüfung war sehr angenehm! Es hat sich angefühlt wie ein gemütliches Gespräch beim Kaffee. =)
Grundsätzlich kann man einfach mal beginnen zu erzählen was man über die gestellten Fragen so weiss & sie hackt dann nach wenn sie mehr wissen will oder geht auf genannte Themen genauer ein.

1) Unterschied zwischen Kalibration, Qualifizierung & Validierung inkl. Beispielen. Was ist der Ablauf von Qualifizierung
- Definitionen der Begriffe genannt & gesagt, dass sie die Voraussetzung für die jeweils nächste Stufe sind (Kalibrierung -> Qualifizierung -> Validierung)
- über Ablauf der Qualifizierung gesprochen & die Unterpunkte kurz erläutert (URS -> DQ -> Bau/Installation -> IQ -> OQ -> PQ)
-> Was macht man bei der OQ? Sie wollte hören, dass ein Gerät detektieren/dokumentieren muss wenn die geforderten Einstellungen nicht eingehalten werden (z.B. Autoklav) damit man überhaupt dass es ein Problem gab.
-> Was passiert bei Abweichungen? deviation protocoll, Qualifizierung wieder von vorne beginnen

2) Was ist Monitoring? Welche verschiedenen Arten gibt es?
- Notwendigkeit zur Gewährleistung, dass keim-/pyrogen-/partikelfrei hergestellt wird
- EMT, Partikeldetektor, habe über rinse- & swab-Methode der Reinigungsvalidierung gesprochen & sie wollte noch wissen worauf man bei der Probenahme achten muss (Zugänglichkeit)
- wie kann das Zonenkonzept Kontamination verhindern? clean corridor, RABS, Isolator, laminar air flow (mit HEPA Filterluft) beschrieben
- Welche Parameter sind wichtig in Reinraum? Temperatur, Feuchtigkeit in Bezug auf das verwendete Arzneimittel
-> Hatte Wasser als Grundlage für mikrobiologisches Wachstum genannt: Was für Wasser wird bei der Herstellung steriler Arzneiformen verwendet? Habe dann WFI genannt & das es keim-/partikel-/pyrogenfrei sein soll durch Sterilisation durch Strahlung, Temperatur, etc. (WFI ist jedoch nicht steril, sondern erst das Fertigprodukt)
-> Was muss man machen, wenn das WFI abgefüllt wird um Sterilität zu erreichen? Die Zeit lief in diesem Moment ab, aber sie meinte, das können wir noch kurz besprechen & ich habe Sterilfiltration (< 0.2 um Durchmesser) genannt & noch erwähnt, dass Sterilisation im Endbehältnis gemacht werden kann.

Viel Glück & Erfolg, vor allem aber schöne Ferien! :D

Pathobiologie 12.08.22
Leider ohne Antworten, sorry..

1. acute tubulo-interstitial Nephritis
a) Def. + Noxen
b) Symptome
c) diagn. Tests + erwartete Resultate
d) pathologische Mechanismen, was wird bei Biopsie erwartet (kurz nach Auftreten & einige Wochen später)
e) Was ist Fibrose & pathogener Mech.

2. acute/chronic Gastritis
a) Ursachen + Symptome akute Gastritid
b) Hauptursache chronische Gastritis
c) 3 verherendste Konsequenzen von chronischer Gastritis
d) Zusammenhang chronische Gastritis & Magenkarzinom

3. Cholesterin
a) Was macht Cholesterin im Körper & wie nimmt Mensch es auf?
b) Was sind Lipoproteine? Aus welchen Makrobiomolekülklassen werden sie aufgebaut? Was ist LDL-Cholesterin?
c) Welches sind die 2 wichtigsten Hyperlipoproteinämien?
d) Nenne 3 weitere Faktoren, die zu kardiovaskulären Ereignissen führen können.


4. Case Study
Frau, seit 7 Monaten Ausfall der Menstruation, nicht-blutige milchige Sekretion aus Brustdrüsen, keine Medis, keine ertastbaren Knoten, ...
a) Verdachtsdiagnose
b) Welche Tests zur bestätigung der Diagnose
c) Welche Ätiologien können durch Aussagen der Frau ausgeschlossen werden.
d) MRI: helle Läsion der Sella turcica, 8mm Durchmesser -> Was könnte die Ursache sein?


5. Melatonin
a) Nenne zwei Hypo- & Hyperpigmentationen.
b) ABCDE-Regel für malignes Melanom
c) Erkläre die Heterogenität des malignen Melanoms. Nenne mind. 2 Gene die mutiert sind.
d) Wieso hat die Schweiz die höchste Inzidenz von malignen Melanomen?


6. Case Study
Näherin, 63y, BMI 32, Hypertension, Diabetes Typ 2, Anlaufschmerzen, wurden im letzten Jahr schlimmer, keine Deformationen sichtbar, ...
a) Diagnose
b) Welche Symptome sprechen für die Diagnose?
c) Welche diagnostischen Tests?
d) Kann die Krankheit auf andere Gelenke überspringen oder nicht? Wieso?


7. diabetische Retinopathie
a) Nenne mind. 3 weitere Urachen die zu Blindheit führen könnten.
b) Welche Formen gibt es?
c) Wie kann es vorgebeut werden?
d) Wie wird die Krankheit diagnostiziert?

Fach: Radiopharmazeutische Chemie
Datum: 25.01.2022

Ich hatte laut Schibli die erste Prüfung dieser Session und wir haben etwas früher gestartet.

Schibli: erste 10 Minuten
Wir haben auf Hochdeutsch gesprochen, damit Frau Mu es auch versteht. Schibli hat mein Tablet anscheinend sehr gefallen und mich deshalb direkt etwas zeichnen lassen.

F: Zeichnen sie das Zerfallsschema von Mo-99:
A: Habe das Schema mit allen Zerfallsprodukten (Tc-99m, Tc-99, Ru-99) aufgezeichnet, sowie deren Halbwertszeiten und die Energie von Tc-99m.
F: Welche Art von Zerfall findet von Tc-99 zu Ru-99
A: beta-minus Zerfall
F: Erklären sie den beta-minus Zerfall
A: Neutronen-reicher Kern, n -> p + beta-minus + anti-neutrino
F: Und wie wirkt sich das auf die Position im Periodensystem aus.
A: Habe gesagt, dass es sich nach links verschiebt, ist natürlich aber nach rechts, da im Tochternuklid Proton mehr vorhanden ist als im Mutternuklid.
F: Wenn wir so von Strahlung sprechen, welche Bildgebungsmethoden gibt es da?
A: z.B. SPECT
F: Wie kann man die Strahlung bei SPECT detektieren?
A: Habe von Anger/gamma-Kamera gesprochen und erwähnt, dass SPECT 3D Szintigraphie sei.
F: Können sie aufzeichnen wie die gamma-Strahlung bei SPECT detektiert wird
A: Habe den Detektor gezeichnet (Pb-Kollimator, Szintillations-Kristall, Photomultiplier) und erklärt, dass die gamma-Strahlung durch die Kollimatoren auf den Kristall treffen, danach in Photonen umgewandelt werden und welche von dem Photomultiplier weiter in einen elektrischen Impuls konvertiert werden.
F: Was machen denn die Kollimatoren?
A: Sie fokussieren die Strahlung auf den Kristall (FALSCH, sie absorbieren die gamma-Strahlung welche nicht genau 90° zum Kristall auftreffen)
F: Welches ist die andere Methode?
A: PET
F: Wie funktioniert die Detektion bei PET?
A: Erzähle davon, dass es sich dabei um einen Ringdetektor handelt und nicht um einen flachen, rotierenden Detektor wie bei SPECT. Dann erklärte ich, dass bei einem beta-plus Zerfall das Positron mit einem Elektron zu Energie annihiliert wird und dass die zwei gamma-Strahlen in entgegengesetzte Richtung abgestrahlt werden und auf gegenüberliegenden Detektoren treffen.
A: Könnte man PET auch mit einer gamma-Kamera betreiben?
B: War etwas überrascht von der Frage und habe dann argumentiert, dass es schwierig wäre die entgegengesetzten gamma-Strahlen gleichzeitig zu erfassen und dass es nicht wirklich Sinn machen würde, da so ja die Lokalisation bei PET funktioniert. (Schibli hat glaub zustimmend genickt, da die Zeit jedoch bereits vorüber war hat er mich an Frau Mu übergeben)


Mu: zweite 10 Minuten
Prüfungssprache war Englisch. Persönlich verstehe ich Frau Mu relativ schlecht und musste 2-3 Mal fragen was die Frage war. Sie hat zum Teil die Frage auch so formuliert, dass ich den Satz hätte beenden müssen - das war mir zu Beginn nicht klar. Nichtsdestotrotz hat sie versucht zu helfen, wenn ich nicht die Antwort gab die sie eigentlich erwartet hätte. Ich empfehle euch so viel wie möglich von eurem Wissen preis zu geben, damit ihr möglichst viel Zeit damit verbringt ihnen zu zeigen was ihr wisst und nicht Fragen gestellt zu bekommen, von denen ihr eventuell keine Ahnung habt.
Zudem musste ich mein screen-sharing beenden, damit sie mir die Folie mit den DAT tracern (Kapitel V.II, slide 19) zeigen konnte.

F: Do you know what DAT means?
A: Dopamine transporters
F: These tracers are all derivatives of cocaine, what do they do? (so hatte ich es zumindest verstanden...)
A: Cocaine is an inhibitor of the DAT, which leads to reduced re-uptake of DA.
F: There are a lot different DAT tracers. Why is it important to modify cocaine to produce the tracers?
A: E.g. the ester group is quite easily cleaved by esterases and therefore the tracer would be lost, if it was localized there. It’s not on the structure that attaches to the desired target anymore.
F: Sie zeigt auf die Struktur von F-18-PF-CIT und fragt: How could you introduce F-18?
A: By aliphatic nuleophilic substitution (SN2), a good leaving group like Tf/Ns/Ms is needed and the Fluoride Ion has to be activated/trapped before, for example by TBAF (tertbutyle ammonium fluoride) or Krytofix (attached to positively charged potassium).
F: Which kind of F-18 is used with Kryptofix/TBAF?
A: The negatively charged fluoride
F: What about I-123-FP-CIT, what precursor would you use and what’s the reaction name(?)?
A: For aromatic nucleophilc substitution (SNAr), a leaving group and an electron withdrawing group in ortho-/para-position is needed.
Anscheinend war das nicht die Anwort, die sie hören wollte. Danach sagte sie irgendetwas, dass Iod nicht Fluor sei und was denn der Unterschied sei. Da habe ich aber überhaupt nicht verstanden worauf sie hinaus will. Nach weiterer Erklärung ihrerseits und meiner Aussage, dass ich immer noch nicht verstehe worauf sie hinaus will, hat sie gemeint wir wechseln zu C-11.
F: How would you produce C-11 CFT?
A: C-11 is produced in a cyclotron by proton bombardement of an N-14 and the release of an alpha-particle. It further reacts to C-11 CO2 with N2 and trace O2 as reagents. A Ni cat. and H2 lead to the formation of C-11 CH4, which then reacts with I2 to CH3I.
Ehrlich gesagt habe ich wieder nicht wirklich verstanden was sie meint und habe einfach mal die Herstellung von CH3I erklärt, da ja z.B. Raclopride damit hergestellt wird. Die Antwort war sicher besser als nichts, jedoch wahrscheinlich wieder nicht was sie hören wollte. Sie fragte nämlich weiter, wie das C-11 dann am Stickstoff angebracht würde und sagte etwas von einem Amin. Habe ich aber auch nur halb verstanden und dummerweise Amid gesagt, worauf dann die nächste Frage folgte während ihr Timer im Hintergrund klingelte.
F: Is it an amine or amide that reacts in order to introduce the C-11?
A: amine (?)

Habe ehrlich gesagt immer noch keinen Schimmer was sie wollte und in der Nachbereitung auf den Folien auch nicht direkt etwas gefunden was dazu gepasst hätte. Ich hoffe ihr seid durch diese Rekonstruktion etwas besser auf solche chemischen Fragen vorbereitet oder schafft es mit eurem Wissen die Zeit besser zu nutzen als ich. ;)
Ehrlich gesagt war ich etwas enttäuscht, dass ich von beiden nur über die theoretischen Hintergründe ausgefragt wurde und die eigentliche Verwendung der Tracer etc. kein Thema war. Vermutlich hätte ich die Diskussion vermehrt selbst lenken sollen und einfach davon zu erzählen was mir im Bezug auf die zuletzt gestellte Frage sonst gerade noch so eingefallen ist…
Ansonsten war die Stimmung ziemlich locker und beide versuchen ihre Fragen verständlicher auszudrücken, wenn man nicht genau darauf eingeht, was sie hören wollen.
Zum Schluss hatte Schibli noch gemeint ich hätte das ganz OK gemacht, was mich jetzt persönlich nicht wirklich motiviert hat, da ich dachte das Fach eigentlich ziemlich im Griff zu haben. Aber lasst euch bitte nicht von meiner Auffassung demotivieren, ihr macht das bestimmt SEHR GUT! :)

Ich hoffe die Rekapitulation hilft euch weiter und wünsche euch viel Glück und Erfolg bei der Prüfung! :)